Pobenedyktyński kościół św. Jana Apostoła w Mogilnie powstał po 1065 r. Cały zespół klasztorny jest jednym z najstarszych w Polsce, powstałym z fundacji Bolesława Śmiałego. Romański, kamienny kościół zbudowany z granitowych ciosów, był trójnawową bazyliką, z wieżą od zachodu, absydą główną i parą absyd przy transepcie. Budynki klasztorne pierwotnie były drewniane. Jednak w połowie XIII w. cały gród padł łupem księcia Władysława Odońca i został zniszczony. Konieczna stała się przebudowa klasztoru i kościoła. Powstały wtedy murowane skrzydła klasztoru, a nawy świątyni zostały przedłużone. Jednocześnie zniknął transept i absydy boczne. Kościół nabrał nieco charakteru gotyckiego, a później barokowego. Jednak wewnątrz zachowało się wiele romańskich elementów, m.in. fundament pierwszego kościoła, ściana w nawie południowej oraz trzy krypty i dwie kaplice: Matki Boskiej Bolesnej i Serca Jezusowego. Krypta wschodnia z końca XIII w. była początkowo dolnym prezbiterium. Znajduje się w niej m.in. ołtarz romański z oryginalną mensą i grobowiec opata z XII w. W grobie znaleziono naczynie liturgiczne, akwamanillę. Zachodnia krypta pochodzi z czasów wznoszenia świątyni. Ołtarz główny, rokokowy z elementami klasycystycznymi, pochodzi z końca XVIII w. W nawach bocznych znajdują się sklepienia kryształowe.